ההסבר המקובל הוא שהיה בידי ראשוני אשכנז חיבור שנקרא 'ספר ירושלמי', שהיה מסודר לפי סדר הש"ס אך היו בו תוספות נכבדות ושינויים משמעותיים. בשנים האחרונות נמצאו שרידיו של ספר זה, ואכן לפחות חלק מהדברים המובאים בראשונים הנ"ל בשם ירושלמי ואינם בירו' שלפנינו נמצאים בשרידים אלו.
הלום מצאתי בתוס' שבת ה' ע"ב ד"ה בשלמא
וכפי שהעירו בהגו"צ של עוז והדר הקושיא אמנם נמצאת בירושלמי שלפנינו, אך התירוץ לא נמצא. וכבר כמה מהראשונים על אתר הזכירו שהתירוץ ליתא בירושלמי שלפנינו.ובירושלמי פריך על דעתיה דבן עזאי... ומשני...
והנה, ניכר ללומד בתלמוד ירושלמי כי הוא לא עבר עריכה, ומכאן לשונו המסובכת והקשה להבנה. וזה לשון הגר"ש פישר (עצם כתי"ק כאן): הטעם למה לא הוזכרה סוגיא דחנוכה בירושלמי הוא פשוט. דבירושלמי אין הסתעפות סוגיות כמו בבבלי, אלא הוא מתייחס תמיד ישירות לפירוש המשנה. ובבבלי ניכר שהושקעה עבודה לשבץ ענינים שאין להם גמרא (וכגון עניני זרעים וטהרות) בתוך סוגיות שיש להם קצת שייכות. והוא משום דהבבלי סודר בעריכה וכונה. משא"כ הירושלמי לא הי"ל עריכה כנודע.
והאמת, שגם הבבלי לא ממש 'נחתם' ע"י רב אשי. כי הרי הגאונים הוסיפו בו הוספות נכבדות, כך שייחסם אליו לא היה כאל 'ספר התושבע"פ' שעליו אין להוסיף וממנו אין לגרוע. ועל אחת כמה וכמה התלמוד הירושלמי, שעריכתו נעשתה ע"י תלמידי תלמידיו של רבי יוחנן - מסתבר שהוא לא 'נחתם' כפשוטו, ולא היה זמן שבו הוכר כי הושלמה צורתו וזה הוא התלמוד ירושלמי, אלא שתבניתו התחברה בזמן מסוים, ובמשך הדורות שאח"כ הוסיפו בו החכמים את דבריהם עד שהגיע לצורתו הנוכחית. ובזה יובנו דברי הרמב"ם בהקדמת משנה תורה שרבי יוחנן כתב את התלמוד הירושלמי, בעוד נמצאים בירושלמי מימרות מאמוראים שחיו כמה דורות אחריו.
ומעתה לכאורה אפשר להסביר את התופעה שבתוס' בשבת, שהקושיא נמצאת בירושלמי שלפנינו והשניה נמצאת לכאורה ב'ספר ירושלמי', בהתפתחות הנזכרת של הירושלמי: כפי שנתבאר הירושלמי נערך במשך כמה דורות; הירושלמי המצוי בידינו הוא גירסא מסוימת של הירושלמי, שאחרי עריכתו המשיכו חכמי ארץ ישראל בעריכת הירושלמי והוציאו מתחת ידם גירסא נוספת שהיא שהיתה נפוצה באשכנז ואח"כ השתכחה. בגירסא הראשונה נכתבה הקושיא, והחכמים שעמדו לאחר מכן הוסיפו בגירסא השניה את התירוץ.
ואולי כל ה'ספר ירושלמי' הוא בעצם מהדורה מאוחרת יותר של הירושלמי.