כתב הגרח"א שפירא ממונקאטש בספרו דברי תורה מהדורא תליתאי אות מ"ו: בזוהר פרשת שלח ]דף ק"ע ע"א[ ואי תימא דאנן פקדין לבי קברי בריש כל ליליא וכו' עכל"ה עיי"ש, לא זכיתי כלל להבין פירוש הדברים כפשוטן, מה זה שאנן פקדין לבי קברי בריש כל ליליא, והיכן הוא המנהג הזה, ונמצא במסכת שמחות פוקדין על המתים והקברות, וכן הוא בטוש"ע ]סימן שד"מ סעיף כ'[, ופירש בבאר הגולה שם שהוא מה שאומרים שם הזכרה ותפלה על הקבר בסוף ז' ושלשים וי"ב חודש, ועיין ]בסימן שצ"ד סעיף ג'[ אבל לא בכל לילה, ובפרט בתחלת הלילה דייקא, ואדרבא מצינו לילך על קברי צדיקים רק ביום ובשחרית, ולא מצאתי בזה כלל בשום מפרשי הזהר, והשם יתברך יאיר עיננו בכ"ע.
ובמהדורה שתיתאי אות פ"ז כתב: עוד העירני והראני הנ"ל בד"ת ]מהדורא תליתאי אות מ"ד[ אשר עוררתי ע"ד הזוה"ק פרשת שלח ]דף ק"ע ע"א[ וז"ל דאנן פקדין לבי קברי בריש כל ליליא, שלא זכינו כלל לפירוש הדברים, והנה בזוהר הרקיע הוא פירוש האריז"ל לסבא ]פרשת משפטים[ בד"ה כד רוחין פקדין וגו', כתב ענין פקידת הקברות, כי רוחות שבגן עדן הארץ כדריש לילה (היינו כמו בריש כל ליליא כנ"ל) אזלין ופקדין לנפשיה בבי קברי עד חצו"ת לילה וכו' עכל"ה, והיינו הרוחות פוקדות או הבחינת נפש ששורה בהקבר ולא בני אדם אז, כנזכר, עכ"ל.
והנה אם כן אין מקור למנהג שציין שלא לילך לקברים בלילה, אלא רק לביאור דברי הזוהר, וצ"ע מה המקור למנהג שלא לילך בלילה.
יש שהולכים, ידוע. אני מדבר על אלו שלא הולכים.
בס' שיח התורה (ח"ג עמ' שנ"א) שאל ממרן שר התורה זצ"ל האם יש לזה מקור בחז"ל שאין לילך על הקברים בלילה דאז אין הנשמות מצויות שם, והשיבו: כ"כ ע"פ קבלה.
הרב מוצפי באתריה דילי' כותב כך:
א, בחצי הלילה הראשון אינם נמצאים על הקברים אלא יושבים בגן עדן, כמפורש בזוהר הקדוש לך לך צ"ב, א, ובשלח מ"ו, א. ועוד מקומות כנודע.
ב, בחצי השני אם עוסקים שם בתורה כגון בקברי הרשב"י, רבי עקיבא, רבי מאיר ועוד הם יבואו ויקשיבו וצריכים להתנהג שם באימה וביראה ובכבוד.
ג, להיכנס לבית עלמין בלילה יש בזה סכנה, כך אמר לי מור אבי ז"ל מחבר האלף לך שלמה על עץ חיים ושער הכוונות, כי המזיקים נמצאים שם, וגם מלאכי חבלה הממונים להעניש את רוחות הרשעים אשר שם, ויכולים להתגרות באדם הנכנס לשם.
ד, והן ידוע ומפורסם בדברי המקובלים כי רוחות רעות, שדים ומזיקים, וגם נפשות הרשעים מסתובבות ומקיפות בית הקברות, ובפרט בלילה שהוא זמן שליטת הדינים, יש להם יותר כח לפעול לא עלינו. וכנזכר בברייתא ]חגיגה ג, ב[ "איזהו שוטה וכו', והלן בבית הקברות, אימור כדי שתשרה עליו רוח טומאה הוא דקא עביד".
וכן הוא בתלמוד ירושלמי ]תרומות א, א[, מקטיר לשדים, והיינו שהן מצויים שם בלילה ומתגבר כוחם, ועיין חזקוני ]בראשית כ"ה, ו[, ובעלי התוספות ]שם[, וכבר האריך הספורנו ז"ל בהקדמתו ]כוונת התורה ד"ה ובכן[, שהם טסים באויר שם מסביב. ועיין בקונטרס היחיאלי ]בית עולמים סימנים ל"ד, ונ"ב[ שיש נזהרים גם ביום לא להיכנס שם.
השאלה אם מישהו יודע מקורות אחרים\נוספים?